专业分析：员工辞职老板不批或借口所签的不公平条约扣除工资的处理方式如下：1、劳动者可以与用人单位协商一致，解除劳动合同；2、劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同，企业不得以不公平条约为由扣除劳动者工资；3、拖欠或扣除劳动者工资的可以到劳动局投诉或申请仲裁。劳动者可通过以下方式解决与公司发生的劳动争议：1、协商。发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议；2、调解。发生劳动争议的，可向企业劳动争议调解委员会、设立的基层人民调解组织、在乡镇、街道设立的具有劳动争议调解职能的组织。申请调解的可以口头形式，也可书面形式，达成调解协议后，双方必须履行；3、仲裁。不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向县、市级劳动争议仲裁委员会申请仲裁；4、诉讼。对劳动争议仲裁委员会的仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。仲裁是诉讼的必经程序，不经仲裁不能直接提起诉讼。
法律依据《中华人民共和国劳动合同法》  第三十七条  【劳动者提前通知解除劳动合同】劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。第三十八条  【劳动者单方解除劳动合同】用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；（二）未及时足额支付劳动报酬的；（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。企业以任何理由扣除劳动者工资的行为均为违反劳动法的行为，希望劳动者多了解学习劳动法，必要时使用法律解决问题！